Наукова школа – це творчий колектив дослідників різних поколінь, об’єднаних загальною програмою та стилем дослідницької роботи, які діють під керівництвом визнаного лідера, відомого вченого у відповідній галузі медичної науки. Кожна наукова школа налічує мінімум три доктори наук за однією спеціальністю. Ключовою фігурою наукової школи є лідер, який дає назву школі. Лідером може бути видатний, авторитетний вчений, який продукує ідеї та керує їх втіленням в наукову працю, вчений, який може об’єднати навколо себе однодумців.

Поняття «наукова школа» є історичним. Елементи колективної форми наукової творчості виникли ще в античному світі. Прикладами стародавніх філософських шкіл з елементарною структурою («учитель – учні чи послідовники») можуть бути мілетська і піфагорійська школи, школа Платона, школа Аристотеля (Лікей), Олександрійська школа. У цьому самому розумінні можна говорити й про наукову школу Г. Галілея (XVII ст.). Наукові школи в сучасному розумінні виникли в XIX ст., коли внаслідок дії соціально-економічних факторів і зближення науки з виробництвом набули поширення зміни в організації наукових досліджень, які зумовили домінантність та необхідність колективних форм творчості для подальшого прогресу науки.

Наукова школа є інтелектуальною, емоційно-ціннісною, неформальною, відкритою спільнотою учених різних статусів, що під керівництвом лідера розвивають висунутий ним науковий напрям та розробляють дослідницьку програму. Суттєвою ознакою наукової школи є одночасність реалізації функцій створення, поширення, захисту наукових ідей та знань, навчання молодих учених тощо.

В Національній медичній академії післядипломної освіти імені П. Л. Шупика функціонує 25 наукових шкіл та 4 наукові школи, що розвиваються.

Наказами НМАПО імені П. Л. Шупика «Про введення в дію рішень вченої ради» (протокол № 9 від 12.11.2014) та від 19.05.2016 № 1849 «Про ведення в дію рішень вченої ради» (протокол № 6 від 18.05.2016) затверджено наступні наукові школи:

-  з теорії і практики соціальної медицини, управління охороною здоров’я, медичною освітою під керівництвом академіка НАМН України ректора професора Ю. В. Вороненка;

-  з акушерства, гінекології та перинатології під керівництвом чл.-кор. НАМН України першого проректора професора Ю. П. Вдовиченка;

-  з неврології під керівництвом д.мед.н. професора Ю. І. Головченка;

-  з медичної біохімії, фармакології, токсикології та хоспісної медицини під керівництвом чл.-кор. НАМН України професора Ю. І. Губського;

-  з серцево-судинної хірургії під керівництвом академіка НАМН України та НАН України Г. В. Книшова;

-  з терапії, кардіології та ревматології під керівництвом академіка НАМН України професора В. М. Коваленка;

-  з медичної та біологічної інформатики і кібернетики під керівництвом професора О. П. Мінцера;

-  з ендокринології під керівництвом академіка НАМН України, чл.-кор. НАН України професора М. Д. Тронька;

-  з фтизіатрії та пульмонології під керівництвом академіка НАМН України професора Ю. І. Фещенка;

              Наказом НМАПО імені П. Л. Шупика від 16.06.2016 № 2257 «Про введення в дію рішень вченої ради» (протокол № 7 від 15.06.2016) затверджено наступні наукові школи:

-  з нейрохірургії, засновником якої є чл.-кор. НАМН України, завідувач кафедри нейрохірургії, д.мед.н., професор Поліщук М. Є.;

-  з управління здоров’ям, засновником якої є професор кафедри медичної реабілітації, фізіотерапії і спортивної медицини, д.мед.н. Апанасенко Г. Л.

Кожна наукова школа НМАПО імені П. Л. Шупика історично створена та розвивається під керівництвом науковця-лідера в певному напрямі медицини. Наукові школи мають місію, цілі та завдання, які складають її наукову та духовну основу.